故事发生在椚丘中学三年E班,表面上,这是一个普通的班级,然而实际上,这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年,他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务,替各国首脑“排忧解难”,而这一次,他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师(福山润 配音)。杀老师是一个神奇的存在,它的外表并非人类,却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力,没有人知道它从哪里来,也没有人知道,它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球,杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物,而作为三年E班的学生,只要成功消灭杀老师,即可毕业。就这样,围绕着这位神秘的老师,充满了危险的日常就此展开。
面对即将展开的崭新的高中生活,个性活泼开朗的元气少女保登心爱(佐仓绫音 配音)心中充满了憧憬与喜悦,新的城市,新的环境,会有怎样有趣的故事在这里发生呢? 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路,误打误撞之中,她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中,在这里,心爱结识了名叫香风智乃(水濑祈 配音)的神秘少女,这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来,这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地,在这里,她将以半工半读的形式度过她的高中三年,在此过程中,心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面,亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。